Lidojuma kontrolieris, UAV smadzenes, ir atbildīgs par lidojuma datu apstrādi un lidojuma komandu izpildi. Augstākās klases-lidojumu kontrolieriem parasti ir vairāki lidojuma režīmi (piemēram, GPS pozicionēšanas un attieksmes režīmi) un inteliģentas šķēršļu novēršanas iespējas, padarot tās piemērotas profesionālai lietošanai. GPS modulis nodrošina precīzu pozicionēšanas informāciju, kas ir īpaši svarīga scenārijos, kuros nepieciešama augstas-precizitātes pozicionēšana, piemēram, aerofotografēšanai un uzmērīšanai.
